2019年国际遗传工程机器设计大赛(International Genetically Engineered Machine Competition,iGEM)于美国时间10月31日至11月4日在波士顿海因斯会议中心(Hynes Convention Center)举行。来自全球五大洲的375支队伍齐聚一堂,进行了精彩的学术交流与项目展示。四川大学代表队SCU-China,由生命科学学院iGEM社团组建,通过一年的努力奋斗,经过四天的激烈角逐,最终在赛事中再次斩获金奖并获得了最佳建模奖的提名。
2019年iGEM参赛队伍合影
本年度四川大学iGEM代表队共计22人,其中9名同学作为代表赴美参加了本次决赛答辩。团队由生命科学学院的16名本科生以及来自吴玉章学院、华西临床医学院、华西药学院、计算机学院、软件学院、华西国重创新班的6位本科生组成。在一年的课题研究和iGEM竞赛准备的过程中,队员们每周通过组会学习合成生物学理论知识并研讨理念优秀课题。在寒假集训中通过头脑风暴提出各种方案,队员们通过激烈讨论与指导教师反复多次沟通后确定本年度的参赛课题方案,通过建模优化路径,再进行实验验证。本次的参赛项目为“CORegulaTIN:The Co-fermentation of Cordycepin and Pentostatin”。该课题将蛹虫草中合成虫草素和喷司他丁所需的基因转入酿酒酵母中,以实现虫草素-喷司他丁的共发酵。通过喷司他丁抑制导致虫草素脱氨失活的腺嘌呤脱氨酶的活性,保持了虫草素的稳定。在合成生物学思想的指导下项目还设计了延迟表达系统,实现在酿酒酵母中自动积累喷司他丁和定时发酵虫草素的目的。在研究过程中,项目课题还进行了广泛的数学建模分析,有效的提高项目推进的效率和准确性。今年iGEM队伍的数学建模分析由计算生物学专业的同学完成。数学建模从蛋白质结构预测出发,结合分子动力学模拟、酶动力学、基因表达动力学模型进行分析。在实验路径设计及改进、课题的结果预测和验证上都起到了重要的指导作用,而实验也不断的给了数学建模提供了所需的数据。实验验证和数学建模的紧密结合正是iGEM比赛所强调和突出的,体现了当下合成生物学的研究特点和学科交叉在生命科学研究中的特征。本次项目运作过程中,团队的数学建模对实验的指导,有力的帮助了实验的规划和实验结果的评价,这帮助团队获得了最佳建模单项奖的提名,这次多年一年团队首次在建模方面获得的认可。体现出我们的团队从过去仅在实验操作部分具备优势到学科交叉融合,从方案设计、数学建模预测到实验验证全流程的完善和进步。
全球的参赛队伍课题交流
为了推动生命科学知识的传播,扩大赛事的社会影响,队伍还进行了一系列的社会活动,获得了良好的社会反响和有意义的课题建议。过去的一年中,团队举办四川大学2019微生物应用设计大赛;参加由电子科技大学、四川大学、第三军医大学、西安交通大学、四川农业大学队伍组成的西南联盟会议;参加由中国科学院深圳先进技术研究院主办的全国iGEM队伍交流会议CCiC;与天津大学、北京大学、瑞典乌普萨拉大学等国内外队伍进行了合作交流;与商学、法学、生物学、医学等多领域的专家教授进行交流访谈;前往以虫草素为主产品的成都普瑞法科技开发有限公司进行实地考察和咨询,得到了虫草素生产方法工业化的建议;前往成都市武侯区新空间青少年发展中心对青少年进行虫草素相关科普;制作了科普视频并在哔哩哔哩等自媒体平台上发布;设计了合成生物学相关桌游并做了推广;对民众进行了虫草素认知与态度的调查并完成了相关市场分析和商业策划书的写作。这些活动普及了合成生物学领域的最新进展,还使得同学们运用合成生物学的理论与方法解决实际问题的能力得到了提高。
课题陈述答辩
生命科学学院组建的iGEM协会吸引了全校各个学院对生物学感兴趣的学生加入,成为大家在课外进行自主学习、学科交叉、探索和创新的平台,对学生创新能力的培养、校园文化建设及其学术氛围的营造都起到很好的推动作用。生命科学学院作为国家教育体制改革试点学院,得益于学校国际化的建设和学院培养“拔尖创新人才”的探索,以赛促培,多年来坚持组织学生参加iGEM大赛,开拓了学生国际视野,推动了学生创新能力的发展。